Mi primera idea era hacerlo desde el ejecutable para Windows y utilizando Wine, pero no es necesario. Hay un fichero .bin específico para el sistema operativo del pingüino.
Veamos cómo hacerlo.
En mi carpeta de descargas tenemos el fichero de instalación
pt.bin y el fichero de idioma español sp.ptl
Le damos permisos de ejecución al fichero pt.bin
Para ello: sudo chmod 777 pt.bin
Lanzamos el ejecutable de instalación
./pt.bin
Termina la instalación del Packet Tracer
Copiamos el fichero de idioma a la carpeta LANGUAGES
dentro de la ruta de instalación de PT
Para ello: cp sp.stl /usr/local/PacketTracer5/LANGUAGES/
Como vemos, ya tenemos el icono de Packet Tracer en el dash del sistema.
Lo ejecutamos
Aceptamos la ruta de ficheros de usuario
Y aquí tenemos Packet Tracer en nuestro sistema Ubuntu Linux
Un diseño básico de red en Packet Tracer en Ubuntu Linux